Kỳ thi diễn ra vào thời điểm tình hình dịch bệnh COVID-19 diễn biến phức tạp. Với “nhiệm vụ kép” là tổ chức kỳ thi an toàn, đảm bảo công tác phòng dịch và đảm bảo chất lượng tuyển sinh vì thế các khâu tổ chức kỳ thi được thực hiện một cách nghiêm túc, đúng quy chế; cán bộ làm công tác thi, thí sinh dự thi chấp hành nghiêm túc các biện pháp phòng, chống dịch COVID-19.
Toàn tỉnh Thanh Hóa thành lập 86 hội đồng coi thi với 88 điểm thi; tổng số phòng thi là 1.641. Tại tất cả các Hội đồng thi (HĐT). Ngoài ra, tại mỗi điểm thi có ít nhất 1 phòng thi dự phòng dành cho các đối tượng thuộc diện F2, F3.
Để đảm bảo an toàn phòng dịch và quy chế thi, các lực lượng cán bộ y tế, công an, tình nguyện viên đã có mặt tại các điểm thi để thực hiện công tác phòng, chống dịch và tiếp sức mùa thi. Tất cả cán bộ làm nhiệm vụ thi và thí sinh đều được đo thân nhiệt, sát khuẩn tay, đeo khẩu trang trước khi vào khu vực thi và phòng thi.
Theo kế hoạch, đúng 8 giờ sáng 04/6 thí sinh bắt đầu làm bài thi môn Toán, thời gian 120 phút, buổi chiều thí sinh làm bài thi môn Ngữ văn, thời gian làm bài 120 phút. Sáng 5-6 thí sinh thi môn Tiếng Anh, thời gian làm bài 60 phút, chiều 5-6 thí sinh dự thi vào Trường THPT Chuyên Lam Sơn dự thi môn chuyên, thời gian làm bài 150 phút. Tất cả các bài thi đều làm theo hình thức tự luận. Riêng bài thi môn Tiếng Anh chuyên thi thêm kỹ năng nghe.
Cũng trong kỳ tuyển sinh này, Thanh Hóa Có 3 phòng thi dự phòng phải sử dụng, cụ thể: HĐT THPT Lê Lợi (Thọ Xuân) 01 phòng vì lí do có 01 thí sinh ho, sốt; HĐT THPT Hoằng Hoá III sử dụng 01 phòng vì lý do có 1 thí sinh là F1 đã hết cách ly; HĐT THCS&THPT Bá Thước sử dụng một phòng 01 phòng vì lí do 01 thí sinh đi Bắc Giang về, không phải là F1, F2 nhưng vẫn phải cách ly.
Đối với các thí sinh thuộc diện F0 và F 1 trước đó UBND tỉnh Thanh Hóa đã ban hành văn bản số 7341/UBND-VX thống nhất đề xuất của Sở Giáo dục và Đào tạo về việc xét trúng tuyển vào một trường THPT công lập phù hợp nơi cư trú đối với thí sinh được cơ quan y tế xác định là F0 và F1.
Kết thúc 2 ngày thi, toàn tỉnh Thanh Hóa hơn 38 nghìn thí sinh tham gia dự thi, đạt tỉ lệ hơn 99%. Không có thí sinh vi phạm quy chế thi.